I Karlskrona kommun finns en mosaik av naturtyper med alltifrån kustlandskapet med ett stort antal öar och skär, strandängar, enbevuxna hällmarker och ädellövskogar till mer skogsdominerade områden norröver med större inslag av barrträd. I kommunen finns förutom ett flertal sjöar även biologiskt värdefulla vattendrag såsom Silletorpsån, Lyckebyån och Nättrabyån.