Tunnebodsmagasinet är en av Stumholmens äldsta byggnader och finns omnämnd på 300-åriga kartor som "Tunboden". Den uppfördes 1718 för lagring av de enorma mängder provianttunnor som Flottan hade behov av. 

Under en period i början av 1800-talet när krigen mot Ryssland, Frankrike, Danmark och Preussen utbröt, inreddes Tunnebodsmagasinet till sjukhus. Men 1824 återgick det till lager, då för spannmål till bageriet.

Sedan 1990 används byggnaden av den Centrala ledningen för Kustbevakningen. 1994 blev byggnaden byggnadsminnesförklarad.