Slup- och barkasskjulet uppfördes under en period av starkt uppsving för flottan. Det var en expansiv och innovativ period som resulterade i nya byggnader i Örlogsstaden, bland annat i Kungshallsmagasinet, Tunnbindareverkstaden, Wasaskjulet och Inventariekammaren samt Slup- och barkasskjulet.

Efter C.P. Nymans ritningar uppfördes denna byggnad år 1786-87 för vinterförvaring av flottans slupar, barkasser och jollar. Byggnaden ersatte ett äldre galärskjul på platsen och den saknar motstycke både beträffande funktion och konstruktion. Den består av tjocka stenmurar med en övervåning av korsvirke. Det unika taket består av sexton brunnar som leder bort regnvattnet genom byggnaden till östra sidan. I byggnadens mitt finns ett torn med en lanternin.

Slup- och barkasskjulet är byggt som ett en och ett halvplanshus med utsikt över både land- och sjösidan. Markens lutning har tagits tillvara för att få naturliga slipar. I öster drogs barkasserna, de största skeppsbåtarna av Flottans fartyg, upp på en slip till bottenvåningens sluttande golvplan. Genom att utnyttja de befintliga nivåskillnaderna kunde man dessutom ta in slupar och andra mindre båtar västerifrån till andra våningen. På varje våningsplan förvarades ett 50-tal av flottans slupar och barkasser.

Husets unika och fascinerande takkonstruktion är sammansatt av tio sadeltak som korsar varandra. Där taken korsar varandra uppstår djupa kanaler där regnvatten samlas och leds ner i tunnor, som förr i tiden användes till exempel vid bränder. Genom att dela upp den stora huskroppen, vars yta är 3 600 kvadratmeter i 16 mindre kvadrater med längsgående takfall längs huset yttersidor, kunde man lösa problemet med att täcka en så stor byggnadsyta. I centrum för byggnaden finns ett torn med en klassiserande lanternin överst.

Slupskjulet kom att inrymma flera funktioner genom tiden. 1808 var det provisoriskt sjukhus och 1855 förändrades vinden för upplag av spannmål. På 1880-talet blev vindsvåningen rustkammare och beklädnadsförråd för flottans 1000 beväringar. 

År 1920 inreddes brevduvslag i östra sidans övre våning och 1921 utvidgades detsamma med en ny avdelning. Piskbalkongen byggdes 1923. På äldre bilder ser man att det fanns en stor fritrappa av trä på byggnadens södra sida. I övrigt är de förändringar som gjorts på byggnaden endast byte av material i samband med underhåll.

1991 blev Slup- och barkasskjulet byggnadsminne. I dag är Slup- och barkasskjulet en levande del av Marinmuseums verksamhet samt används som lärarlokaler till Litorina Folkhögskolas båtbyggarlinje. En del av byggnaden används fortfarande för förvaring av båtar.