Med utvecklingen av örlogsstaden konstaterade statsmakten att inloppen till Karlskrona borde försvaras och spärras. Detta för att förhindra fiendeanfall från fastlandet med båtar eller till fots över isen. Åren 1724 föreslogs därför att befästningar skulle uppföras på öarna Mjölnareholmen och Ljungskär.

Ett kruthus på Mjölnareholmen uppfördes under 1730-talet och arbetet med Ljungskär tog vid strax därefter, under åren 1746–53. I likhet med kruthuset på Mjölnareholmen försågs byggnaden med så kallat fredstak; ett tak av trä som kunde tas bort i händelse av krig, då vindsplanet skulle rustas med kanoner. I övrigt förefaller det som att vissa erfarenheter har gjorts i samband med uppförandet av kruthuset på Mjölnareholmen, vilka kom till användning då kruthuset på Ljungskär anlades. Den senare byggnaden är nämligen mer teknisk och genomtänkt, inte minst då det gäller möjligheterna att skydda krutet vid åskväder (se nedan) och risk för väta (i samband med att fredstaket tagits bort).

De yttre murarna är uppförda av gråsten, medan de inre murarna och det inre valvet är byggda av tegel. Kruthuset skulle rymma 1 692 tunnor i det centrala krutmagasinet och 850 tunnor i de yttre nischerna, totalt 2 542 tunnor. (Tunnorna rymde en centner krut = 42,5 kilo).

Precis som på Mjölnareholmen fanns det även på Ljungskär ett våghus och ett bostadshus. Dessa var dock tvungna att rivas i slutet av 1960-talet efter omfattande vandalisering av byggnaderna.