Fredrikskyrkan, stadsförsamlingens kyrka, benämndes från början Svenska kyrkan eller Storkyrkan. Den ritades som en basilika med latinsk korsplan av Nicodemus Tessin d.y. på 1690-talet. Detta blev Tessins största kyrkobyggnad och förebild för fasadens utförande var Santa Trinità dei Monti i Rom. Första stenen lades av dåvarande landshövdingen Salomon von Otter. Kalkstenen till bygget bröts på Öland och transporterades med lastpråmar till Karlskrona. Teglet fraktades från tegelbruket på Verkö. Fredrikskyrkan började byggas år 1720, men det skulle dröja till 1744 innan kyrkan kunde invigas. 

Vid invigningen var dåvarande kronprinsen Adolf Fredrik och prinsessan Lovisa Ulrika närvarande och två minnestavlor över deras senare kröning finns bevarade i kyrkan. Kyrkan kallades först Svenska kyrkan eller Storkyrkan, och det nuvarande namnet syftar på Fredrik I som var Sveriges kung vid tiden för kyrkans invigning. 

Kyrkan har fått olika restaureringar genom tiden och senaste kyrkorummets omgestaltning och renovering blev färdigt 2018. Kyrkan återöppnades av biskop Johan Tyrberg, den 25 mars 2018. Kyrkorummet har sex nischer vilka används som halvöppna rum för samtal, andakter, barnens altare, dopljus, dopträd och utställningar.  

Tillsammans med Trefaldighetskyrkan i Karlskrona brukar Fredrikskyrkan räknas till den klassiska, romerska barockens främsta monument i Sverige.  

Här finns tre olika filmklipp att titta på när det gäller Fredrikskyrkans renovering.

Kyrkan i centrum - kyrkan i staden och staden i kyrkan