Båtsmanskasernen byggdes 1847 som logement för cirka 500 båtsmän efter ritningar av arkitekten C. E. Wallenstrand.

Något i stil med Båtsmanskasernen på Stumholmen finns inte och lär aldrig ha funnits i Sverige. Byggnadens ändamål och pedagogiska program avspeglas på ett unikt vis i interiören. 

Interiört skulle byggnaden ge känslan av ett riktigt fartyg så att de unga båtsmännen fick en föraning om det kommande fartygslivet. Golven är välvda som på skeppsdäck och försedda med spygatt och väggpanelen av ek påminner om insidan av ett skrov. I byggnadens mittlinje står mastliknande toscanska kolonner som förhöjde fartygskänslan. 

På varje våning finns ett stort, öppet logement med plats för 250 man i hängkojer. Dagtid lades hängkojerna på en två meter bred hylla längs utmed logementens långsidor, sina tillhörigheter hade de nyinryckta matroserna i sjömanskistor. 

Redan 1868 ansågs kasernen otidsenlig och blev spannmålsmagasin och tjänsterum för proviantmästaren. Sedan tiden som spannmålsmagasin har byggnaden haft olika funktioner, bland andra som förråd för värnpliktigas civila kläder och en tid som "sängpersedelsförråd". Under 1900-talet fick byggnaden flera renoveringar, bland annat tak och fasader. 

Båtsmanskasernen blev byggnadsminne 1992. Idag används Båtsmanskasernen som undervisningslokaler på design och managementskolan Hyper Island.