Amiralitetskyrkan fanns med i den första stads- och befästningsplanen år 1683. Erik Dahlbergh tros ha ritat kyrkan – en centralkyrka i trä som rymde cirka 4 000 personer. Kyrkan var ett hastigt uppfört provisorium för amiralitetsförsamlingen och invigdes år 1685. Den fick namnet Ulrica Pia (pia = den fromma) efter Karl XI:s drottning Ulrica Eleonora. Det dröjde något decennium innan inredningen var på plats. 

Ända fram till 1900-talet behandlades kyrkan som ett provisorium eftersom det ursprungligen var tänkt att kyrkan skulle ersättas med en stenkyrka vid Amiralitetstorget. Det förde med sig att underhållet av kyrkan länge var eftersatt. Under 1800-talet, när man insåg att det inte skulle vara möjligt att ersätta Ulrica Pia med den stenkyrka som man planerat, målades kyrkan gul för att den skulle se ut som en stenkyrka. Under 1980-talet genomfördes en stor restaurering av kyrkan som nu har sin ursprungliga, röda färg. 

Utanför kyrkan står den kända fattigbössan ”Rosenbom”, utformad som en båtsman från 1700-talet.