Kommunfullmäktige är kommunens högsta beslutande organ och riksdagens motsvarighet i kommunen. Kommunfullmäktige utser i sin tur kommunstyrelsen som är kommunens motsvarighet till regering.
Eftersom kommunstyrelsen inte kan sätta sig in i alla frågor, finns det även nämnder för olika specialområden. Till varje nämnd hör i regel också en förvaltningsorganisation.
Efter valet 2006 bildade den borgerliga alliansen - moderaterna, folkpartiet, centerpartiet och kristdemokraterna - tillsammans med miljöpartiet den femklöver som idag styr Karlskrona, men utan egen majoritet. Oppositionspartierna är: socialdemokraterna, vänsterpartiet och sverigedemokraterna.